עובד המסיים את עבודתו נדרש לבצע הליך התחשבנות במס מול פקיד שומה. 
הסדרת נושא המס על כספי הפיצויים, הינו תהליך חובה במועד סיום העבודה, גם אם העובד החליט להשאיר את כל כספי הפיצויים בקופות על שמו.​

 תהליך סיום עבודה

שלב ראשון

המעסיק ממלא טופס 161, בו  מפורטים תקופת עבודתו של העובד, שכרו האחרון וצבירות הפיצויים שלו בכל קופה וקופה, בהתאם לדוחות פיצויים שקיבל המעסיק מהגופים המוסדיים – חברות הביטוח וקרנות הפנסיה .

שלב שני

על העובד למלא טופס 161א, בו רשומים פרטי העובד, צבירות הפיצויים שלו בכל קופה והנחיות העובד מה לעשות עם כספי הפיצויים – האם למשוך פיצויים, ואם כן איזה סכום, או להשאיר את הכספים, כולם או חלקם, בקופות.

שלב שלישי

לאחר שטופסי 161 ו- 161א מלאים ומוכנים, יהיה על העובד לגשת לפקיד השומה באזור מגוריו, מצויד בטפסים האמורים וב3 תלושי שכר אחרונים, ולקבל מפקיד השומה הנחיות ואישורים עבור הקופות, לגבי החלטותיו.

שלב אחרון

לאחר קבלת האישורים מפקיד השומה, יש להעבירם לקבוצת תמורה, על מנת שנוכל להעבירם לקופות בהן מתנהלים ההסדרים הפנסיוניים לצורך תיעוד ולביצוע בקשות העובד והנחיות פקיד השומה. ללא אישורים אלה לא ניתן יהיה לממש את כספי פיצויים בהווה ובעתיד.
במידה והתהליך לא הושלם בתוך הזמן המוגדר בתקנות, לרוב 3 חודשים, ייתכן שיחול תשלום מס שלא לצורך, או קושי רב בעתיד להתחקות אחר המסמכים הנחוצים, לצורך השלמת התהליך.

חישוב המס על ידי המעסיק

ישנם מקרים בהם אין צורך לגשת לפקיד שומה מאחר והמעסיק רשאי לבצע התחשבנות מס במקום פקיד השומה ולהנחות את  הקופות בהחלטות העובד.